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Toujours pas de possibilité de détecter les variants du Covid en Polynésie


Aucun signe ne laisse pour l’instant penser que les différents « mutants » du Covid, réputés plus contagieux voire plus dangereux, ne soient entrés au fenua. Mais les autorités ne peuvent pas en être sûres : l’Institut Louis Malardé est toujours en attente du matériel nécessaire pour détecter ces variants.
Et ne peut qu’espérer une livraison « dans le meilleur des cas«  la semaine prochaine.

Une épidémie qui « pourrait reprendre » et une situation sanitaire « qui deviendrait beaucoup plus grave ». Voilà les inquiétudes exprimées, mardi encore, par Édouard Fritch quant à l’importation d’un variant du Covid en Polynésie. Un risque cité, le 14 janvier, parmi les raisons qui avaient convaincu les autorités de la nécessité prolonger le couvre-feu. Le président du Pays estimait alors que les « mutants » anglais, brésiliens, sud-africains, et depuis peu californiens (lire plus bas), « étaient peut-être déjà en Polynésie ». Deux semaines plus tard, le doute n’est pas levé. Et l’Institut Louis Malardé (ILM) qui, mi-janvier, « était en train de se donner les moyens » de détecter ces variants, est toujours dans l’attente de matériel nécessaire.

« On ne part pas de rien », rappelle le Dr Van Mai Cao-Lormeau, directrice du laboratoire de recherche sur les maladies infectieuses à transmission vectorielle. L’ILM avait déjà, avant la crise, les compétences pour séquencer le génome des virus et l’Institut Pasteur lui avait même fourni une partie des réactifs et des « séquences d’amorce » nécessaires pour travailler sur le Sars-Cov-2 il y a quelques mois. Des capacités qui doivent être complétées, pour ce qui est de ces nouveaux variants, de « kits de détection » qui permettent de faire la différence entre une souche classique du virus et une source mutante dès l’amplification de l’ARn du virus. Une prérequis nécessaire à l’identification exacte, par séquençage, de chaque variant.

Problème : ces kits de détection ont été commandés « il y a quelques jours » au moment où tous les pays du monde s’inquiétaient de la possibilité d’une introduction sur leur territoire. Les fournisseurs peinent visiblement à répondre à la demande et l’ILM « espère une livraison sous 10 jours » sans avoir de réelle visibilité sur le calendrier. « Dans les meilleurs des cas la semaine prochaine », explique la responsable.

Détecter, comment et pour quoi faire ?

Pas d’information, donc, sur la présence ou non de variants du Covid, même si la probabilité d’une importation « est moins élevée qu’ailleurs » reprend le Dr Van Mai Cao-Lormeau. D’abord parce que le protocole sanitaire polynésien impose un test négatif avant le départ et l’isolement des arrivants en cas – relativement rare – d’auto-prélèvement positif quatre jours après l’atterrissage au fenua. Aussi parce qu’aucun rebond suspect dans les courbes épidémiques ni de « symptomatologie très prononcée » n’ont été observés ces dernières semaines, comme le note la chercheuse. Elle estime tout de même qu’il est « important » de se doter des moyens de détection au plus vite.

Une fois les kits arrivés, l’Institut Malardé pourra réaliser la détection en interne, avec une possibilité de « vérification » auprès du centre national de référence. « Sur de petits volumes on pourra séquencer un variant précisément en 72 heures à partir du moment où on l’aura détecté », reprend la directrice de laboratoire. Impossible, en revanche, de lancer une vérification systématique des prélèvements positifs pour repérer un virus « mutant ». Pour lutter contre le risque d’importation, les quelques autoprélèvements d’arrivants confirmés positifs pourront être « screenés ». Mais la recherche du variant à l’intérieur du pays sera surtout « basée sur des investigations de clusters pour lesquels il y aurait des indications épidémiologiques ». En clair : la recherche se fera dans les foyers de contamination particulièrement vivaces ou ceux qui sont liés, de manière avérée, à un voyage extérieur.

Et si un variant était découvert ? Vu les chiffres de contamination observées au Royaume-Uni, en Afrique du Sud ou à Manaus, au Brésil, les autorités auraient de nouvelles raisons de s’inquiéter… Et donc d’appuyer – ou de prolonger – des mesures de restrictions sanitaires qui pèsent déjà depuis de longs mois sur la vie du fenua. Mais « tout dépendra du contexte de la détection », note la scientifique, citée en 2019 parmi les chercheurs les plus « cités » au monde sur les infections virales. « Si le variant a été détecté chez un voyageur qui n’a pas forcément été en contact étroit avec la population, l’impact ne sera pas le même que si on le détecte dans un foyer familial sans aucun contact à l’extérieur, sans pouvoir remonter les chaînes possibles de transmission », explique-t-elle.

Face aux variants, la méthode « tester – tracer – isoler », érigé en leitmotiv en début de crise mais qui n’a pas résisté, dans la pratique, au pic épidémique, pourrait donc être remise au goût du jour.

Anglais, sud-africain, brésilien, californien… ce que l’on sait des variants du Covid

L’apparition de variants du Covid, fin 2020, a provoqué des inquiétudes sur la gestion de la pandémie, et sur l’efficacité des vaccins, alors en pleine mise sur le marché. Mais les mutations, régulières pour le virus de la grippe ou d’autres maladies, n’ont en soi rien d’étonnant. « Après avoir infecté nos cellules, les virus se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des ‘erreurs’ : les fameuses mutations, explique l’Inserm  dans un article consacré au sujet. Ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, voire avoir un effet négatif sur le virus. D’autres, en revanche, peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie ». Des informations qui sont récoltées aux termes d’études poussées. Ainsi les connaissances sont encore limitées sur les variants déjà identifiés.

  • Le variant « anglais ». Les premiers cas ont été identifiés dès le 20 septembre dans le Kent, mais ce n’est qu’à la mi-décembre que la vingtaine de mutations de ce variant ont été identifiées, comme le rappelle FranceInfo. L’une d’elles porte sur la protéine Spike, située à la surface du virus et qui le rendrait 50 à 70% plus transmissible que la souche originelle. C’est la raison pour laquelle ce variant est soupçonné d’être à l’origine de l’impressionnante flambée des cas et des décès au Royaume-uni. Le gouvernement britannique, s’appuyant sur des études pas encore publiées, affirme que la souche est aussi plus létale, ce qui reste à confirmer. Le variant progresse en France (9,4% des cas en région parisienne) et a été repéré dans des dizaines d’autres pays du monde. Les premières études semblent montrer que les vaccins déjà développés, et notamment celui de Pfizer et Moderna, sont efficaces contre cette souche.
  • Le variant « sud-africain » a été détecté dans des échantillons remontant au mois d’octobre, et rendu public le 18 décembre. Majoritaire en Afrique du Sud, qui a aussi connu une flambée de cas, il a été identifié dans des pays voisins, puis à Mayotte, en Amérique du Nord, en Europe et même en Australie et en Nouvelle-Zélande. Toujours d’après FranceInfo, il serait « 50% plus transmissible » mais « rien n’indique » qu’il soit « plus sévère », d’après les autorités sud-africaines, qui ont tout de même observé une hausse des cas graves chez les jeunes. Mais il inquiète surtout par sa résistance aux anticorps produits par des infections à la souche originelle de Covid-19. Ce qui pourrait remettre en cause l’efficacité des vaccins. Moderna estime, en l’attente de résultats d’essais, que son vaccin reste efficace contre son vaccin et assure, comme Pfizer, être en mesure de développer rapidement une nouvelle version du produit pour « compléter » l’immunité.
  • Les variants « brésiliens » ont en fait d’abord été repérés au Japon chez des voyageurs, comme l’explique Le Figaro. Ils présentent des caractéristiques similaires à celles du variant anglais, et coïncident, là encore, avec une augmentation des cas à Manaus, dans le Nord-Ouest du Brésil. La France ne connait aucun cas mais ce mutant a été détecté ponctuellement en Allemagne et aux États-Unis.
  • Un variant « californien » a été découvert il y a une dizaine de jours, rapporte L’Express. Il serait en partie responsable de l’augmentation spectaculaire du nombre de cas au cours des deux derniers mois, a établi le centre médical Cedars-Sinaï.
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1 Commentaire

  1. Astrid
    29 janvier 2021 à 8h59 — Répondre

    Comment de fait il que dans une petite ile comme Mayotte il est possible depuis longtemps,de detecter les variants du Covid ?La Polynesie cherche t’elle vraiment a,se proteger des variants auquel cas il lui faudrait germer ses frontieres et ruiner l’economie touristique ou bien veut elle pratiquer la,politique de l’Autruche et gerer la crise sanitaire au jour le jour?

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